Начиная роман с изображения семейного конфликта между отцом и сыном Кирсановыми, И. С. Тургенев идет дальше, к столкновениям общественного характера. Но семейная тема в романе дает основному конфликту особую гуманистическую перспективу. Отношения сыновей к отцам не замыкаются только на родственных чувствах, а распространяются на сыновнее отношение к прошлому и настоящему отечества, к нравственным ценностям, которые наследуют дети. Отцовство тоже предполагает любовь старшего поколения к молодому, терпимость и мудрость, разумный совет и снисхождение. Конфликт между старшим и молодым поколениями выражен в противостоянии Павла Петровича Кирсанова и Евгения Базарова, которых можно назвать и антиподами и двойниками.
Либеральный дворянин Кирсанов и революционер-демократ Базаров представляют не только разные возрастные поколения, но и разные общественные силы, вступившие в конфликт. Их точки зрения выражены в спорах. Принято считать, что в словесной схватке Павла Петровича и Базарова полная победа остается за Базаровым. Между тем на долю «нигилиста» выпадает весьма относительное торжество. В основу конфликта Тургенев вкладывает классическую коллизию античной трагедии, в которой обе стороны до известной степени правы. Симпатии читателей остаются за Базаровым не потому, что он абсолютно торжествует, а отцы бесспорно посрамлены. Базаров значителен как титаническая личность, не реализовавшая громадных возможностей, отпущенных ей природой и историей.
Молодой нигилист прав, что любые истины и авторитеты должны подвергаться сомнению. Однако при этом наследнику не следует терять сыновнего отношения к культуре прошлого. Базаровым же это чувство подчеркнуто отрицается. Принимая за абсолют конечные истины современного естествознания, он впадает в нигилистическое отрицание всех культурных и исторических ценностей.
Тургенева привлекает в разночинце отсутствие барской изнеженности, презрение к прекраснодушной фразе, порыв к живому практическому делу. Базаров силен в критике консерватизма Павла Петровича, в обличении пустословия русских либералов, в отрицании эстетского преклонения «барчуков» перед искусством, в критике дворянского культа любви. Но, бросая вызов отживающему строю жизни, герой в ненависти к «барчукам проклятым» заходит слишком далеко. Отрицание «вашего» искусства перерастает у него в отрицание всякого искусства, отрицание «вашей» любви — в утверждение, что любовь — чувство напускное, все в ней легко объясняется физиологией, отрицание «ваших» сословных принципов — в уничтожение любых авторитетов, отрицание сентиментально-дворянской любви к народу — в пренебрежение к мужику вообще. Порывая с барчуками, Базаров бросает вызов непреходящим ценностям культуры, ставя себя в трагическую ситуацию.
В споре с Базаровым Павел Петрович прав, утверждая, что жизнь с ее готовыми, исторически рожденными и Богом данными законами умнее отдельного человека или группы лиц. Но это доверие к опыту прошлого предполагает проверку его жизнеспособности, его соответствия молодой, вечно обновляющейся жизни. Оно предполагает бережное отношение к новым общественным явлениям. Павел Петрович, одержимый сословной спесью и гордыней, этих чувств лишен. В его благоговении перед старыми авторитетами заявляет о себе «отцовский» дворянский эгоизм. Недаром же Тургенев писал, что его роман «направлен против дворянства как передового класса».
Итак, Павел Петрович приходит к отрицанию человеческой личности перед принципами, принятыми на веру. Базаров приходит к утверждению личности, но ценой разрушения всех авторитетов. Обе позиции — крайние: в одной — закоснелость и эгоизм, в другой — заносчивость и нетерпимость. Спорщики впадают в «противоположные общие места». Истина ускользает от спорящих сторон: Кирсанову не хватает отеческой любви к ней, Базарову — сыновнего почтения. Участниками спора движет не стремление к истине, а взаимная социальная нетерпимость. Поэтому оба, в сущности, не вполне справедливы по отношению друг к другу.
Уже первое знакомство с Базаровым убеждает: в его душе есть чувства, которые герой скрывает от окружающих и даже от самого себя. Очень и очень не прост с виду самоуверенный и резкий тургеневский разночинец. Тревожное и уязвимое сердце бьется в его груди. Крайняя резкость его нападок на поэзию, на любовь, на философию заставляет усомниться в полной искренности отрицания. Есть в поведении Базарова некая двойственность, которая перейдет в надлом и надрыв во второй части романа. В Базарове предчувствуются герои Достоевского с их типичными комплексами: злоба и ожесточение как форма проявления любви, как полемика с добром, подспудно живущим в душе отрицателя. В тургеневском «нигилисте» потенциально присутствует многое из того, что он отрицает: и способность любить, и «романтизм», и народное начало, и семейное чувство, и умение ценить красоту и поэзию. Не случайно Достоевский высоко оценил роман Тургенева и трагическую фигуру «беспокойного и тоскующего Базарова», несмотря на весь его нигилизм увидев в его беспокойстве признак великого сердца.
Но не вполне искренен с самим собой и антагонист Базарова Павел Петрович. В действительности он далеко не тот самоуверенный аристократ, какого разыгрывает из себя перед Базаровым. Подчеркнуто аристократические манеры Кирсанова вызваны внутренней слабостью, тайным сознанием своей неполноценности, в чем Павел Петрович, конечно, боится признаться даже самому себе. Читателям понятна его тайна — безответная любовь не к загадочной княгине Р., а к милой простушке Фенечке. Еще в самом начале романа Тургенев дает понять, как одинок и несчастен этот человек в своем «аристократическом» кабинете с мебелью английской работы, с библиотекой в стиле «Ренессанс». Он одинок и в комнате Фенечки среди простонародного быта с баночками варенья на окнах, чижом в клетке, растрепанным томом «Стрельцов» Масальского и образом Николая Чудотворца в углу. И здесь он тоже посторонний со своей странной любовью на закате дней без всякой надежды на взаимность.
Роман Тургенева, написанный накануне решительного поединка аристократии с демократией, призван подчеркнуть издержки в споре у обеих борющихся сторон. Вспыхивающая между соперниками взаимная социальная неприязнь заходит так далеко, что неизмеримо обостряет разрушительные стороны кирсановского аристократизма и базаровского нигилизма.