В сложном идейном содержании сказок М. Е. Салтыкова-Щедрина можно выделить три основные темы: сатира на правительственные верхи самодержавия и на эксплуататорские классы, изображение жизни народных масс в царской России и обличение поведения и психологии обывательски настроенной интеллигенции. Но, конечно, строгое тематическое разграничение сказок М. Е. Салтыков-Щедрина провести невозможно и в этом нет необходимости. Обычно одна и та же сказка наряду со своей главной темой затрагивает и другие. Так, почти в каждой сказке писатель касается жизни народа, противопоставляя ее жизни привилегированных слоев общества.
Резкостью сатирического нападения непосредственно на правительственные верхи самодержавия выделяется «Медведь на воеводстве». Сказка, издевательски высмеивающая царя, министров, губернаторов, напоминает тему «Истории одного города», но на этот раз царские сановники представлены в виде сказочных медведей, свирепствующих в лесных чащобах.
С едким сарказмом обрушился М. Е. Салтыков-Щедрин на представителей массового хищничества — дворянство и буржуазию, действовавших под покровительством правящей политической верхушки и в союзе с нею. Они выступают в сказках то в обычном социальном облике помещика («Дикий помещик»), генерала («Повесть о том, как один мужик двух генералов прокормил»), купца («Верный Трезор»), кулака («Соседи»), то — и это чаще — в образах волков, лисиц, щук, ястребов и т. д.
Умение сатирика обнажать «хищные интересы» крепостников и возбуждать к ним народную ненависть ярко проявилось уже в первых сказках М. Е. Салтыкова-Щедрина — «Повесть о том, как один мужик двух генералов прокормил» и «Дикий помещик». Приемами остроумной сказочной фантастики М. Е. Салтыков-Щедрин показывает, что источником не только материального благополучия, но и так называемой дворянской культуры является труд мужика. Генералы-паразиты, привыкшие жить чужим трудом, очутившись на необитаемом острове без прислуги, обнаружили повадки голодных диких зверей, готовых пожрать друг друга. Только появление мужика спасло их от окончательного озверения и вернуло им обычный «генеральский» облик. Что же было бы, если бы не нашелся мужик? Это досказано в повествовании о диком помещике, изгнавшем из своего имения всех мужиков. Он одичал, с головы до ног оброс волосами, «ходил же все больше на четвереньках», «утратил даже способность произносить членораздельные звуки». Наряду с сатирическим обличением привилегированных классов и сословий М. Е. Салтыков-Щедрин затрагивает в сказке о двух генералах и вторую основную тему произведений сказочного цикла — положение народа в эксплуататорском обществе. С горькой иронией изобразил сатирик рабское поведение мужика.
Значительная часть сказок М. Е. Салтыкова-Щедрина посвящена разоблачению поведения и психологии интеллигенции, запуганной правительственными преследованиями и поддавшейся в годы политической реакции настроениям постыдной паники. Представители этой категории людей нашли в зеркале сказок М. Е. Салтыкова-Щедрина сатирическое отражение в образах премудрого пискаря, вяленой воблы, самоотверженного зайца, здравомыслящего зайца, российского либерала.
Изображением жалкой участи обезумевшего от страха героя сказки «Премудрый пискарь», пожизненно замуровавшего себя в темную нору, сатирик выставил на публичный позор интеллигента-обывателя, высказал презрение к тем, кто, покоряясь инстинкту самосохранения, уходил от активной общественной борьбы в узкий мир личных интересов. С «Премудрым пискарем» по теме сближается одна из самых едких сатир на либерализм — сказка «Либерал». Благородно мыслящий либерал сначала робко выпрашивал у правительства реформ «по возможности», затем — «хоть что-нибудь», а кончил тем, что стал действовать «применительно к подлости»...